하버드 대학교는 미국 건국(1776년) 전에 세워진 9개의 콜로니얼 칼리지 중 하나로, 영국식민지에 세워진 최초의 고등교육기관이자 세계 최초 현대적인 의미의 사립대학이자 전세계에서 가장 잘 알려진 대학 중 하나이다.[8]매사추세츠에 17,000명의 청교도가 살게 되자 성직자 수요가 늘어날 것에 대비하여 매사추세츠 식민지 일반 의회(the Great and General Court of the Massachusetts Bay Colony)에 의해 1636년 New College(당시 철자법으로는 Newe College)라는 이름으로 세워졌다. 당시 설립을 주도한 매사추세츠 지도층이 대부분 당시 청교도신학의 중심지였던 케임브리지 대학교의 엠마누엘 컬리지 출신이었으므로 엠마누엘 컬리지를 참고해 조직되었다. 설립을 주도한 이들 중 한 명이자 엠마누엘 컬리지 출신의 청교도 성직자인 존 하버드 목사가 1638년에 유산(776 파운드 스털링의 돈과 책 400권)을 본교에 기증하자 1639년 현재 본교의 학부 이름인 하버드 칼리지(Harvard College)로 개명되었다. 사립대학법인으로서 하버드 대학교의 재단은 1650년 인가되었다. #

1764년에는 미국 독립 전쟁으로 대학 본부가 불타서 존 하버드의 책들도 한 권을 제외하고는 모두 소실됐다.[9] 1775년에는 독립군이 하버드 교정에 주둔했으며, 1776년에는 8명의 하버드 졸업생이 미국 독립선언서에 서명했다. 전쟁 당시 군수물자를 만들기 위한 원재료로 뜯겨나간 하버드 칼리지 건물의 금속제 지붕을 신생 연방정부가 보상해야 한다는 판결이 미국 연방대법원의 첫 재판에서 나왔다. 1782년 의학전문대학원이 세워짐에 따라 드디어 종합대학인 하버드 대학교(Harvard University)가 됐다. 1816년에는 신학대학원이, 1817년에는 로스쿨이, 1839년에는 천문대가 세워지면서 대학은 성장을 거듭하였다.

초기의 하버드 대학교는 개신교(특히 나중에 회중교회의 전신이 되는 청교도) 성직자를 길러내는 종교대학이었다. 따라서 초기 하버드대의 규율은 상상하기 힘들 정도로 엄격하고 빡빡했다. 이는 초기 교장이자 근본주의자로서 세일럼 마녀 재판의 핵심인물인 인크리스 매더의 성향이 작용한 것으로, 그는 학교의 교재를 이교도의 고전에서 기독교 작품으로 바꾸고 극단적으로 경건한 규율을 지키도록 했으며, 성경을 통째로 라틴어로 읽고 암기하도록 했다. 하지만 18세기부터 학교에 계몽주의와 유니테리언 사상이 퍼지며 조금씩 세속되는 기미를 보이더니, 19세기초 유니테리언, 자유주의 성향 학자들이 연이어 총장에 임명된 것을 결정적 계기로 조금씩 세속주의 성향을 띈 상류층을 위한 종합대학으로 변모했다. 한편 18세기 초부터는 미국에서 제1차 대각성 운동(The First Great Awakening)이라는 복음주의, 경건주의 운동이 일어났는데, 하버드와 예일이 이 운동에 반대하자 실망한 하버드 출신 뉴저지 총독 조내선 벨처는 예일과 에든버러 대학교 졸업생들이 세운 프린스턴 대학교를 지원했고, 1754년에는 프린스턴의 설립과 성장을 계기로 컬럼비아 대학교가 세워져 예일 출신 새뮤얼 존슨이 초대 총장으로 재임했다. 케임브리지 대학교가 1209년 옥스퍼드 대학교로부터 도망친 신학자들에 의해 세워졌음을 생각해 보면 영미권 주요 대학의 계보는 옥스퍼드→케임브리지→하버드→예일→프린스턴→컬럼비아로 이어지는 셈이다. 한편 신학과 무관한 계기로 설립된 첫 콜로니얼 칼리지는 1755년 벤저민 프랭클린에 의해 세워진 펜실베이니아 대학교(UPenn)다.

1824년 매사추세츠에서 연방당이 대패한 후 민주공화당이 대학에 대한 지원금을 끊으며 사립화되기 시작했다. 지원금을 끊는데 대학이 성장한다는게 이상하게 여겨질 수 있지만, 미국 대학문화 특성상 지원금이 끊기면 오히려 주정부의 간섭에서 벗어나 자유로운 학풍을 구축하고 후원금이나 기부금을 더 많이 받아 성장할 수 있는 계기가 될 수 있기 때문이다. 갈수록 하버드 대학교 이사회에서 정치인과 성직자의 입지가 줄고, 뉴잉글랜드 상류층이 된 하버드 동문들과 그들의 기부금이 늘었다. 이에 따라 1815~55년 사이에 재단이 급성장하여 예일 대학교의 3배, 애머스트 칼리지와 윌리엄스 칼리지를 합한 것의 5배에 이르렀다. 이는 계속 이어져 21세기 기준 하버드 대학교 재단의 재산은 406억 달러로, 세계에서 가장 돈이 많은 대학 재단이다.

1865년 남북전쟁 종전 후 초교파 성향의 찰스 윌리엄 엘리엇 총장이 재임하던 1869~1909년에는 교육 과정에서 개신교 색이 빠지고 자기주도학습이 강조되기 시작하였다.[10] 이를 통해 하버드 대학교는 현대적인 연구 중심 대학으로 거듭났고, 1879년에는 여자대학 학부인 래드클리프 칼리지(Radcliffe College)가 세워졌다. 제2차 세계 대전 동안에 래드클리프 칼리지 학생들도 하버드 칼리지 학생들과 수업을 함께 듣게 되었고, 1945~60년 사이에는 입시 체계가 개선되어 뉴잉글랜드사립기숙학교 출신 개신교인 외에 유대인과 가톨릭 신자를 받기 시작했으며, 1979년 래드클리프 칼리지와 하버드 칼리지가 통합됨과 동시에 래드클리프 칼리지의 자리에 래드클리프 고등연구소(Radcliffe Institute for Advanced Studies)가 세워졌다.[11] 1960년대에 처음으로 여성들에게 학위를 수여하기 시작했다. #

2024년 기준 8명의 미국 대통령[12], 현재 생존하는 188명의 억만장자[13][14], 161명의 노벨상 수상자, 10명의 필즈상 수상자[15][16], 2명의 아벨상[17][18] 14명의 튜링상 수상자[19][20], 5명의 프리츠커상 수상자, 10명의 아카데미상 수상자, 48명의 퓰리처상 수상자, 108명의 올림픽 메달리스트(금메달 46개), 385명의 로즈 장학생, 그리고 259명의 마셜 장학생을 배출하였다. 참고위키백과에는 하버드 출신이 설립한 기업들 명단 문서 별도 존재